《植物生理学报》 2008, 44(6): 1106-1112

甘蓝型油菜‘ 沪油15’ 中两个CBF 类转录因子的克隆与分析

庄静^1,2, 朱波², 金晓芬², 彭日荷², 乔玉山¹, 章镇¹, 熊爱生^2,*, 姚泉洪^2,*

1 南京农业大学园艺学院, 南京210095; 2 上海市农业科学院生物技术研究所, 上海201106

通信作者：熊爱生；E-mail: Yaoquanhong@saas.sh.cn, Xiongaisheng@saas.sh.cn；Tel: 021-62203180

摘　要：

以拟南芥CBF家族转录因子AP2 保守域的氨基酸序列为信息探针, 搜索油菜UniGene数据库, 得到2 个UniGene: Bna.2193 和 Bna.2260, 序列拼接得到 2 个 cDNA 序列(BnaCBF-1 和 BnaCBF-2)。通过 PCR 和 RT-PCR 方法分别从甘蓝型油菜 ‘ 沪 油 15’ 的 DNA 和 cDNA 中克隆了上述基因。序列分析显示, 克隆的 BnaCBF-1-Hy15 与 BnaCBF-1 基因序列完全一样, 而 BnaCBF-2-Hy15 与 BnaCBF-2 的基因序列差异很小, 只有 4 个氨基酸位点不同, 且都没有内含子。从 cDNA 序列、氨基酸 序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性 / 亲水性、序列比对、进化树、功能域、二级结构、三级结构进行了预测。 结果显示, ‘ 沪油 15’ 来源的 BnaCBF-1-Hy15 和 BnaCBF-2-Hy15 转录因子属于 AP2/ERF 家族中的 DREB-A1 亚族, 是亲水 性蛋白, 在蛋白质的三级结构上与 atCBF1 相似。

关键词：转录因子; CBF; 生物信息学; 甘蓝型油菜‘沪油15’

收稿：2008-07-14   修定：2008-10-29

资助：国家“863” 项目(2006AA10Z117)、上海市自然科学基金(08ZR1417200)和上海市青年科技启明星跟踪计划(08QH14021)。

甘蓝型油菜‘ 沪油15’ 中两个CBF 类转录因子的克隆与分析

庄静^1,2, 朱波², 金晓芬², 彭日荷², 乔玉山¹, 章镇¹, 熊爱生^2,*, 姚泉洪^2,*

1 南京农业大学园艺学院, 南京210095; 2 上海市农业科学院生物技术研究所, 上海201106

Corresponding author: ; E-mail: Yaoquanhong@saas.sh.cn, Xiongaisheng@saas.sh.cn; Tel: 021-62203180

Abstract:

以拟南芥CBF家族转录因子AP2 保守域的氨基酸序列为信息探针, 搜索油菜UniGene数据库, 得到2 个UniGene: Bna.2193 和 Bna.2260, 序列拼接得到 2 个 cDNA 序列(BnaCBF-1 和 BnaCBF-2)。通过 PCR 和 RT-PCR 方法分别从甘蓝型油菜 ‘ 沪 油 15’ 的 DNA 和 cDNA 中克隆了上述基因。序列分析显示, 克隆的 BnaCBF-1-Hy15 与 BnaCBF-1 基因序列完全一样, 而 BnaCBF-2-Hy15 与 BnaCBF-2 的基因序列差异很小, 只有 4 个氨基酸位点不同, 且都没有内含子。从 cDNA 序列、氨基酸 序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性 / 亲水性、序列比对、进化树、功能域、二级结构、三级结构进行了预测。 结果显示, ‘ 沪油 15’ 来源的 BnaCBF-1-Hy15 和 BnaCBF-2-Hy15 转录因子属于 AP2/ERF 家族中的 DREB-A1 亚族, 是亲水 性蛋白, 在蛋白质的三级结构上与 atCBF1 相似。

Key words: 转录因子; CBF; 生物信息学; 甘蓝型油菜‘沪油15’